Overblog Suivre ce blog
Editer l'article Administration Créer mon blog
1 juin 2011 3 01 /06 /juin /2011 16:00

Escherichia coli entérohémorragique (ECEH) O:104 H:4 a déjà causé la mort de 23 personnes en Europe (22 en Allemagne et 1 en Suède) et a contaminé plus de 2 500 autres, alors que l’origine de cette épidémie n’est toujours pas déterminée.

Avant de céder à la paranoïa rappelons que 23 morts c'est l'équivalent d'un week-end peu chargé sur les routes de France et c'est rien du tout pour une épidémie bactérienne : la tuberculose (2 millions de morts par ans), le tétanos (500 000 morts par an), la diphtérie, la syphilis, le typhus (plusieurs milliers de morts mais on a même pas de chiffre précis parce qu'on s'en fout vu qu'on est vacciné), auxquelles il faut rajouter certaines infections nosocomiales : pseumdomonas, staphylococus, etc (environ 4000 morts par ans pour la France).

 

Escherichia Coli, est une bactérie intestinale des mammifères très commune chez l'être humain. Découverte en 1885 par Théodore Escherich, dans des selles de nourrissons, c'est un coliforme (i.e. de la famille des Enterobacteriaceae) généralement commensal (i.e. une symbiose mais non réciproque) qui vit dans notre matière fécale. Cependant, certaines souches d’E. Coli peuvent être pathogènes entraînant alors des gastro-entérites, infections urinaires, méningites, ou septicémies.

 

713px-EscherichiaColi_NIAID.jpgE. Coli observé au microscope électronique à balayage

 

 


Il existe un très grand nombre de souches de E. Coli, qui est sans doute l’organisme vivant le plus étudié à ce jour : en effet, l'ancienneté de sa découverte et sa culture aisée (division cellulaire toutes les 20 minutes à 37 °C dans un milieu riche) en font un outil d'étude de choix. Elle joue le rôle de « cheval de labour » dans tous les laboratoires de biologie moléculaire. Ces bactéries sont modifié génétiquement  pour en faire des "competent cells" (cellules compétentes) comme par exemple RosettaTM 2 (Merck). Ces bactéries sont utilisées par des jeunes doctorantes en biologie pour fabriquer des protéines. En effet la chimie ne permettant par de synthétiser des protéines (trop compliqué), les biologistes introduisent le gène de la protéine dans E. Coli. pour qu'elle le fasse à leur place. Ça ce fait sans trop de problème parce que les bactéries, qui sont asexuées, aiment bien échanger des gènes (des plasmides via un transfert horizontal de gènes). Rosetta va donc exprimer ce gène et (avec un peu de chance) et se multiplier en produisant la protéine d'intérêt, il suffit alors de récolter la protéine. Pour cela la doctorante aura rajouté à la fin du gène un "tag" : une séquence d'ADN codant pour au moins six histidines consécutives (étiquette poly-histidine). Ce His-tag va permettre de séparer cette protéine d'intérêt des autres car la petite queue d'histidine va se coller sur les parois d'une colonne de chromatographie d'affinité métallique (chélation par du Cobalt ou de Nickel) alors que les autres protéine passe sans être retenues (on dit qu'elles sont élutées). La protéine est ensuite éluée à sont tours grâce à une solution d'imidazole qui déplace la protéine de l'ion métallique par compétition. Si on a de la chance la protéine récupérée est "active", mais souvent elle ne marche pas sans trop qu'on sache pourquoi...

 

Ça c'est pour les gentilles E. Coli qui aident les jeunes et jolies biologistes à avoir leur thèse. Les E. Coli entérohémorragiques (ECEH) sont plus méchante et responsables de colites hémorragiques. Le principal réservoir de ces bactéries est le tube digestif des bovins, la contamination humaine se fait par l'intermédiaire d'aliments, principalement la viande de bœuf hachée et le lait cru. Le sérotype O157 est le plus fréquent (ex : O157:H7 pour la « maladie du hamburger »  ). Les ECEH produisent une verotoxine (ou Shiga-toxine) qui peut entraîner un syndrome hémolytique et urémique (SHU). Pour cette infection particulière, les antibiotiques ne sont pas conseillés, ils peuvent être contre-productif en causant le relargage brusque de toxines.

 

Les différentes souche sont identifiées par leurs sérotypes : les deux lettres (O et H) correspondant à deux protéines présentent à la surface de la bactérie. 

 


 

Antigènes somatiques O 

 

Il en existe plus de 150 et correspondent aux lipopolysaccharides complexes. Actuellement certains laboratoires d'analyses médicales utilisent l'agglutination avec des sérums pour déterminer le sérogroupe, (le passage de la consistance crémeuse de la colonie à une consistance rugueuse ayant pour conséquence l’absence de synthèse de l'antigène O). Mais cette technique est limitée par le nombre de plus en plus élevé de sérums à fabriquer,et pas très spécifique. Il est donc plus précis d'analyser les  gènes codant les enzymes impliquées dans la synthèse de l’antigène O (sérotypage moléculaire).

 

Antigènes flagellaires H 

La diversité des antigènes H est due aux différents types de flagelline composant la structure du flagelle. C'est le flagelle qui permet la mobilité bactérienne. Le typage s'effectue également par séro-agglutination, mais n’est développé que dans de très rares laboratoires dans le monde. Une technique de sérotypage moléculaire a donc été également développée pour déterminer l'antigène H.

 


 

L'épidémie a débuté le 24 mai, les autorités sanitaires allemandes s'inquiètent alors de la propagation rapide de L’Escherichia Coli entérohémorragique (ECEH), qui serait à l’origine de trois décès dans le nord du pays et de centaines de cas recensés au cours des deux dernières semaines. Quelque jours plus tard le "Institut für Hygiene and Umwelt" de Hambourg déclare avoir détecter la présence de bactérie E. Coli entérohémorragique dans quatre concombres espagnol.

 

concombre.jpg

 

Des analyses complémentaires révéleront qu'il ne s'agissait pas de la souche O:104 H4 retrouvé chez les malades. Après avoir suspecté les graines germés, ils semblent que celle-ci est été innocenté à leur tour. L'enquête se concentre toujours sur une contamination d'origine alimentaire (les gastro-entérites d'origine bactérienne sont la plupart du temps d'origine alientaire) et plus particulièrement les légumes (concombre, salade, tomate) sur la base d'un questionnaire soumis aux malades. Il faut ajouter que la contamination selle-mains-bouche est  aussi possible, un patient infecté mais ne présentant pas de symptome et ayant un hygiène douteuse peut contribuer à propager l'infection. Il est donc impératif de laver les légumes ainsi que ses mains!

 

Pendant que la recherche du patient zéro piétine, le génome de EHEC O:104 H:4, d’environ 5 millions de paires de base, a été séquencé (download at :  ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/Ecoli_TY-2482.).

 

Life Technologies Corporation, qui fabrique des machines dites de séquençage de troisième génération (Darmstadt) en collaboration avec l'université voisine de Münster ont réalisé le séquencage et suggère que la bactérie est un nouveau type hybride de souches de E. Coli pathogènes. Le Beijong Genomic Insitut, quant à lui, révèle qu'il partage 93% de sa séquence avec CEEA E. Coli 55989, une souche isolée en République centrafricaine et connu pour provoquer des diarrhées graves. Il semble avoir acquis plusieurs gènes qui rendent plus pathogènes. Un fragment de gène semble provenir d'un autre agent pathogène d'origine alimentaire, Salmonella enterica, tandis que d'autres gènes sont fortement homologues à ceux trouvés dans d'autres, souches de E. Coli, y compris la souche appelée O25: H4-ST131. Il s'agit donc d'une bactérie connue mais qui a "muté" via un transfert de gène "horizontal" avec une autre bactérie, ce qui est tout à fait banale chez les bactéries.

 

Les analyses confirment aussi que la bactérie est résitance à un certain nombre d'antibiotiques (aminoglycoside, macrolides et beta-lactams) probablement à cause de l’utilisation intensive d’antibiotiques dans l’élevage.

 

Le microbiologiste Frederick Blattner de l'Université du Wisconsin, qui a travaillé pendant près de 15 ans à la séquence de la première souche de E. Coli a déclaré que les résultats doivent être considérés comme préliminaires. BGI n'a pas reassemblé la totalité du génome a partir des zones séquencées et un certain nombre de tronçons doivent être reséquencées. Pourtant, «ils ont fait cela à une vitesse incroyable, et il semble que ils aient trouvé des informations très intrigantes», dit Blattner.

Ça en langage scientifique ça veut dire il on fait ça très vite mais c'est un peu bâclé...


 

Couv_4eme_CONCOMBRE_T2.jpg

Partager cet article

Repost 0
Published by doc-fab - dans Sciences
commenter cet article

commentaires

clovis simard 07/09/2012 03:31

Blog(fermaton.over-blog.com),No-23. - THÉORÈME PARTICULAIRE. - Proton dans l'Atmosphère.